Orientations of Proteins in Membranes

Orientations of Proteins in Membranes (OPM) database (base de datos Orientacións de Proteínas en Membranas) é unha base de datos que proporciona as posicións espaciais das estruturas das proteínas de membrana na bicapa lipídica.^[1][2][3][4] As posicións da proteína calcúlanse usando un modelo de solvatación implícita da bicapa lipídica.^[5][6] Os resultados dos cálculos foron verificados comparándoos con estudos experimentais da disposición espacial das proteínas transmembrana e periféricas de membrana.^{[4][7][8][9][10][11][12]}

As estruturas das proteínas tómanse de Protein Data Bank. OPM tamén proporciona unha clasificación estrutural de proteínas asociadas a membranas en familias e superfamilias, e a topoloxía na membrana, a estruturas cuaternarias de proteínas no seu estado unido á membrana, e o tipo de membrana de destino para cada proteína. Poden descargarse os ficheiros coordinados cos límites de membrana calculados. O sitio permite a visualización de estruturas proteicas con límites de membrana planos por medio de Jmol, MDL Chime, WebMol e Discovery Studio.

Esta base de datos foi amplamente utilizada en estudos experimentais e teóricos de proteínas asociadas á membrana.^{[13][14][15][16][17]} Porén, as estruturas de moitas proteínas asociadas a membrana non están incluídas na base e datos se non se poden predicir computacionalmente. Este é o caso cando todas as partes ancoradas na membrana das proteínas (hélices alfa anfifílicas, residuos non polares expostos, ou residuos de aminoácidos lipidados) se perden nas estruturas experimentais.^[4]

1. ↑ ST NetWatch: Protein Databases Arquivado 02 de xuño de 2013 en Wayback Machine. review of OPM in Signal Transduction NetWatch list from Science
2. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome OPM-cite
3. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome OPM1
4. ↑ ^{4,0 4,1 4,2} Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome peripheral
5. ↑ Lomize, AL; Pogozheva, ID; Mosberg, HI (2011). "Anisotropic solvent model of the lipid bilayer. 1. Parameterization of long-range electrostatics and first solvation shell effects". Journal of chemical information and modeling 51 (4): 918–929. PMC 3089899. PMID 21438609. doi:10.1021/ci2000192. 
6. ↑ Lomize, AL; Pogozheva, ID; Mosberg, HI (2011). "Anisotropic solvent model of the lipid bilayer. 2. Energetics of insertion of small molecules, peptides, and proteins in membranes". Journal of chemical information and modeling 51 (4): 930–946. PMC 3091260. PMID 21438606. doi:10.1021/ci200020k. 
7. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome Malmberg
8. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome Spencer
9. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome Lathrop
10. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome Kuta
11. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome Tatulian
12. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome Hristova
13. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome park-helms
14. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome marsh-jost-peggion
15. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome pfb-2007
16. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome cyl-2006
17. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome pbm-2006